Chùa thường được gọi là chùa Bà, tọa lạc trên núi Bà Đen, thuộc ấp Ninh Trung, xã Ninh Sơn, thị xã Tây Ninh, tỉnh Tây Ninh. Chùa thuộc hệ phái Bắc tông.

Với chiều cao 986m so với mực nước biển, núi Bà Đen là ngọn núi cao nhất Nam Bộ. Chùa Linh Sơn Tiên Thạch, thường gọi là chùa Phật, chùa Thượng, chùa Bà, cùng với chùa Hang (chùa Linh Sơn Long Châu) và chùa Trung (chùa Linh Sơn Phước Trung) là những ngôi chùa nổi tiếng ở khu danh thắng núi Bà Đen.

Chùa do Thiền sư Đạo Trung – Thiện Hiếu thuộc chi phái Thiền Liễu Quán khai sơn vào giữa thế kỷ XVIII. Chùa đã được trùng tu nhiều lần. Năm Mậu Ngọ (1857), Tổ Phước Chí đã bỏ ngôi chùa cũ lợp lá, vách ván, tổ chức xây dựng ngôi chùa khang trang.  Ngài đã vận động nhiều Phật tử góp công góp của mở rộng đường lên núi, xây dựng ngôi chánh điện và giảng đường. Cũng vào thời gian này, cách chùa khoảng 300m, một nhà sư người Chiêm Thành, tục gọi là ông Chàm và nhà sư Huệ Mạng – Kim Tiên lấy hang đá làm nơi tu hành. Khoảng năm 1864, sư Huệ Mạng khai sơn chùa Linh Sơn Long Châu.

Năm Nhâm Thân (1871), Tổ Phước Chí cho xây chùa Phước Lâm kế cận dòng sông chảy qua ấp Vĩnh Xuân để khách hành hương đi bằng đường thủy ghé chùa nghỉ ngơi trước khi lên núi. Đến đời Tổ Chơn Thoại, ngài thấy cần xây một trạm dừng tại chân núi, tạo thuận lợi cho khách hành hương, nên đã cho xây ngôi chùa Linh Sơn Phước Trung, thường gọi là chùa Trung.

Năm Canh Tuất (1910), Tổ Tâm Hòa nối tiếp trụ trì đã cho mở rộng ngôi chùa, xây dựng thêm nhà nghỉ cho khách hành hương, mở con đường rộng 6m, dài 1300m từ chùa Trung lên chùa Phật. Năm 1924, ngài cho xây nhà Tổ, Đông lang, Tây lang, nhà Trù bằng vật liệu chủ yếu là đá. Năm 1927, ngài cho lấp hố Điện Bà (sâu 50m, rộng 70m), tương truyền là nơi Bà quyên sinh, để lấy lối lên chùa Phật.

Đây là công trình lớn, ngài đã huy động hàng trăm thợ lao động suốt bốn năm mới hoàn thành. 27 năm trụ trì của Tổ Tâm Hòa là thời kỳ chùa được hưng thịnh về mặt hoằng dương đạo pháp cũng như cơ sở tự viện với hơn 100 Tăng Ni tu học, khách hành hương về chùa mỗi ngày một đông. Ngài viên tịch vào ngày 08 – 01 năm Đinh Sửu (1937).

Các đệ tử của Tổ Tâm Hòa là Giác Phú, Giác Hạnh, Giác Ngọc kế tục quản lý và phát triển hệ thống tự viện ở đây đến năm 1945. Từ năm 1945 đến năm 1956, quân Nhật rồi quân Pháp kéo lên chiếm đóng, phá hủy hoàn toàn hệ thống tự viện ở đây. 

Năm 1956, ngài Nguyên Chất – Giác Điền, trụ trì chùa Phước Lâm tổ chức xây dựng lại hệ thống chùa ở núi Bà. Ngài cho tháo dỡ ngôi Thiền đường và một số căn nhà phụ của chùa chở lên núi cất chùa tạm để có nơi lễ bái của Tăng Ni và khách hành hương. Ngài cùng thầy Huệ Phương hết lòng chăm lo tôn tạo ngôi chùa Phật và chùa Hang. Năm 1957, ngài Giác Điền viên tịch, ngài Huệ Phương tiếp tục công việc đến năm 1962 thì giao nhiệm vụ trụ trì cho Ni sư Thích Nữ Diệu Nghĩa để về chùa Phước Lâm tu học. Từ đây cho đến năm 1975, công việc tái thiết các tự viện bị ngưng trệ. Một lần nữa, bom đạn chiến tranh đã phá hủy gần hết các công trình mới được xây dựng.